Fleksolevy tulee puhdistaa heti painatuksen jälkeen fleksopainokoneella, muuten muste kuivuu painolevyn pinnalle, mikä on vaikeasti poistettavaa ja voi aiheuttaa huonoja levyjä. Liuotinpohjaisille musteille tai UV-musteille käytä liuotinsekoitusta (kuten alkoholia), jonka pitoisuus on pienempi ja joka sopii puhdistukseen. Vesiohenteinen muste voidaan puhdistaa emäksisellä nestemäisellä puhdistusaineella tai korkealaatuisella fleksopainatuksen puhdistusliuoksella. äläkä käytä kovaa harjaa tulostuslevyn naarmuuntumisen estämiseksi. Kuivaa painolevy pesun jälkeen nukkaamattomalla kankaalla, varo hankaamasta painolevyä toistuvasti ja sulje se myöhempää käyttöä varten kuivumisen jälkeen. Fleksolevy tulee puhdistaa välittömästi painatuksen jälkeen, muuten muste kuivuu painolevyn pinnalle, mikä on vaikeasti poistettavaa ja voi aiheuttaa huonon levyn. Liuotinpohjaisille musteille tai UV-musteille käytä liuotinsekoitusta (kuten alkoholia), jonka pitoisuus on pienempi ja joka sopii puhdistukseen. Vesiohenteinen muste voidaan puhdistaa emäksisellä nestemäisellä puhdistusaineella tai korkealaatuisella fleksopainatuksen puhdistusliuoksella. On syytä huomata, että puhdistaessasi pyyhi se varovasti pehmeällä puuvillakankaalla, äläkä käytä kovaa harjaa painolevyn naarmuuntumisen estämiseksi. Kuivaa painolevy pesun jälkeen nukkaamattomalla kankaalla, varo hankaamasta painolevyä toistuvasti ja sulje se myöhempää käyttöä varten kuivumisen jälkeen.